Le vie che partivano dalla costa (da Sestri Levante, antica Segesta Tigulliorum, e Luni) trovavano, attraverso il territorio di Varese, facili accessi alla Padania ed è quindi logico che in questo territorio si formasse un mercato di scambio.
 
Nella zona dell'attuale Varese doveva esistere un insediamento di epoca bizantina, i cui resti sono stati individuati sotto il castello. Ad avvalorare l'ipotesi di una frequentazione del territorio in questo periodo, sono alcuni toponimi di chiara ascendenza greca: il Monte dei Greci, antico nome del Monte di Cento Croci e la località Baselica, che potrebbe indicare una selva imperiale o, più probabilmente, una strada "reale". E a Varese esiste anche il quartiere di Grecino.
 
Della presenza longobarda rimane anche traccia nella dedicazione delle chiese di Porciorasco e Ossegna a San Michele - assunto a protettore dai Longobardi dopo la vittoria sui Saraceni (663) - al quale erano dedicati anche l'ospedale e la cappella di Cento Croci.

Nell'Alta Vara, pressoché disabitata, esisteva un'entità ecclesiastica importante, la pieve de Varia - compresa nel territorio dell'Arcidiocesi genovese - che aveva sotto la propria giurisdizione numerose terre: nel 1031 comprendeva, tra le altre, Cassego, Chinela, Trenzanasca, Scioverana, Zanega.

La presenza dei conti di Lavagna, nel territorio di Varese data almeno all'inizio del XI secolo; essi nel 1161 ne ottennero l'investitura dall'Imperatore Federico I.

Alla fine del XII secolo, due rami dei Conti - Fieschi e Pinelli - si stabilirono nell'attuale Cassego e di lì iniziarono a disboscare, a costruire edifici in legno, a seminare, ad avviare l'agricoltura e l'allevamento.
 
Quasi subito iniziò la lunga stagione dei conflitti tra le due famiglie, quando i Fieschi scacciarono i Pinelli da Cassego e li costrinsero a rifugiarsi nella vicina località Carbello, dove costruirono una torre detta appunto "Torre dei Pinelli". Con un successivo patto le due casate si spartivano il territorio: quello a ponente della Torre spettava ai Fieschi, quello di levante ai Pinelli, mentre i terreni oltre il fiume Scagliana rimanevano di proprietà comune, erano cioè una comunaglia (da cui il toponimo odierno di Comuneglia). Il Monte Zatta veniva attribuito ai Pinelli, come risarcimento per avere sottratto loro la zona di Cassego.
 
Nell'ambito di queste lotte si colloca la costruzione di diverse opere fortificate: dei Pinelli erano quelle di Cavizzano e Casaletto, la Torre "dei selvaggi" a Chinela, la Torre di Carbello, il Castellazzo di Montevecchio; ai Fieschi appartenevano invece la Torricella, il castello di Panizzaro (tra Codivara e Comuneglia), le torri di Cornaredo e Caminata e la fortezza di Monte Tanano, che sarebbe stata distrutta nel 1492.

La superiorità numerica, dovuta alla presenza di molti uomini che avevano chiamato da Lavagna, da Cogorno e dalla Valle Sturla e la migliore dislocazione logistica, portò i Fieschi a conquistare la supremazia nell'Alta Val di Vara entro la fine del XIII secolo.
Avuta dunque la meglio, essi decisero di consolidare la propria presenza sul territorio fondando un borgo che potesse diventare il fulcro della vita dell'intera zona; si stilò quindi un progetto d'insediamento, che prevedeva case murate e tutte uguali tra loro. Determinante nella scelta del sito fu la variazione di percorso della strada diretta dal parmense al mare, che non seguiva più come un tempo la mezza costa, ma il corso del fiume Vara.

Attraverso varie vicende storiche, i Fieschi tennero il feudo fino al 1386, anno in cui il Doge genovese Antoniotto Adorno lo acquistò dal conte Carlo; presto la famiglia ne tornò in possesso, ma nel XV secolo il suo dominio venne insidiato per ben due volte: nel 1435 Nicolò Piccinino, alla guida di una spedizione ordinata da Filippo Maria Visconti contro i Fieschi, arrivò da Borgotaro, si impossessò di Varese del castello di Monte Tanano e distrusse il Castellazzo di Montevecchio.

Nel 1472 Varese passava sotto la dominazione dei Laudi, feudatari dell'Alta Val di Taro, a seguito del matrimonio del signore di Compiano, Manfredo, con Antonia Maria Fieschi. Sarà Gian Luigi Fieschi "il Vecchio", nel 1478-79, a riconquistare il feudo alla famiglia, che lo reggerà fino al 1547 quando, in seguito alla fallita congiura del nipote Gian Luigi contro Andrea Doria, il potere della casata crollerà e i suoi domini saranno incamerati dalla Repubblica di Genova.

Vedi anche: Conoscere lo stemma comunale